Il crescente volume di dati interessanti ed accessibili gratuitamente favorisce la comprensione dei meccanismi delle malattie rare e aiuta gli scienziati a perfezionare le proprie ricerche. Una delle fonti di informazioni più significative proviene dall’International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC), che ha recentemente annunciato la pubblicazione della sua enciclopedia completa sulle funzioni dei geni dei mammiferi, che descrive la funzione di ogni singolo gene nel genoma murino. Il progetto dell’IMPC consente ai ricercatori di tutto il mondo di accedere a tutti i dati e alle informazioni disponibili attualmente sui topi knock-out, topi con geni inattivati che aiutano gli scienziati nella comprensione della funzione del gene "knocked out". Se si comprende la funzione di tutti i geni murini (dei quali circa il 99% ha un equivalente umano), è possibile che si possa migliorare la comprensione del ruolo dei geni nelle malattie umane, comprese quelle rare. Grazie all’enciclopedia delle cellule staminali embrionali creata dall’
International Knock Out Mouse Consortium, l’IMPC potrà accedere alle cellule staminali embrionali mutanti e convertirle in topi mutanti che saranno in seguito fenotipizzati. L’IMPC si propone con un progetto in due fasi di generare, nel corso dei prossimi 10 anni, topi mutanti per 20.000 geni murini (la maggior parte dei geni del genoma del topo) e di effettuare la fenotipizzazione sistematica di tutti questi topi mutanti. I dati saranno depositati e diffusi in un database centrale di proprietà dell’IMPC. È auspicabile che questa risorsa completa di dati “
…possa ridurre sostanzialmente i tempi tra la ricerca di base e l’applicazione clinica”. L’IMPC è un consorzio internazionale costituito da quindici istituti di ricerca ed enti finanziatori di sei Paesi, tra i quali il Medical Research Council (MRC) di Harwell (Regno Unito), i National Institutes of Health (USA), il Wellcome Trust (Regno Unito), il Wellcome Trust Sanger Institute e l’EMBL-European Bioinformatics Institute di Hinxton (Regno Unito), l’Helmholtz Zentrum di Monaco di Baviera, la German Mouse Clinic (Germania), il Toronto Centre for Phenogenomics (Canada), l’Institute Clinique de la Souris (Francia), l’Australian Phenomics Network (Australia), il RIKEN BioResource Centre (Giappone), il CNR di Monterotondo (Italia), il Baylor College of Medicine (USA), l’University of California Davis (USA), il Charles River Laboratories (USA), il Children`s Hospital Oakland Research Institute (USA), il Jackson Laboratory (USA), il Genome Canada (Canada), il MARC Nanjing University (Cina) ed i Canadian Institutes of Health Research (Canada).
L’IMPC si fonda sul successo del progetto EUMODIC (finanziato dalla Commissione Europea tramite la sovvenzione LSHG-CT-2006-037188), che ha sviluppato le procedure operative e i sistemi informatici necessari all’archiviazione di una grande quantità di dati generati e che ha pilotato la produzione e la fenotipizzazione dei topi. L’IMPC si basa, dunque, su anni di programmazione e preparazione tecnica. In un comunicato stampa il dott. Paul Flicek dell’EMBL-EBI spiega che "
il materiale gratuito offerto dall’IMPC sarà integrato con molte altre banche dati molecolari presso l’EMBL-EBI e beneficierà di funzionalità di ricerca avanzate. Questo farà sì che i ricercatori possano far uso, anche in futuro, di informazioni dettagliate e dati di alto livello sui fenotipi murini e altre informazioni biologiche rilevanti, ad esempio associazioni di malattie umane".
Il dott. Bill Skarnes, ricercatore senior presso il Wellcome Trust Sanger Institute, spiega inoltre che "
il nostro obiettivo è comprendere il ruolo dei geni-malattia e utilizzare queste conoscenze per migliorare l’assistenza sanitaria. Le cellule e le fonti di DNA che abbiamo sviluppato per l’IMPC hanno già dimostrato il loro valore nell’identificazione dei geni implicati in una forma di anemia. Le risorse integrate fornite dall’IMPC faranno la vera differenza per il lavoro dei ricercatori di tutto il mondo".
Per saperne di più.
Altro materiale disponibile gratuitamente riportato recentemente nella letteratura scientifica Di recente è stata riportata nella letteratura scientifica un’altra fonte gratuita di materiale che può contribuire ad una maggiore comprensione delle malattie rare. Si tratta di BioNOT, un database consultabile di eventi biomedici negativi. Partendo dalla premesa che gli eventi biomedici negativi possono essere scientificamente rilevanti, BioNOT è un database di oltre 32 milioni di frasi negative che serve ad estrapolare eventi negativi. Utilizzando, per esempio, il termine di ricerca "Rett", il database BioNOT offre oltre 100 estratti di testo con una frase negativa: “
In 10 pazienti con ritardo mentale con caratteristiche di sindrome di Rett, non è stata, tuttavia, identificata nessuna mutazione nella regione codificante del MECP2” oppure “
Avere la sindrome di Rett nella categoria PDD ICD-10 non ha senso” e fornisce il collegamento ipertestuale alla fonte della letteratura. BioNOT permette, dunque, all’utente di catturare gli eventi negativi che potrebbero essere trascurati dagli esperti.
Visita BioNOT
Poi c’è ALFRED. Come di recente descritto in un
articolo disponibile gratuitamente della rivista
Nucleic Acids Research, ALFRED, curato dall’Università di Yale, è un database di frequenze alleliche, disponibile gratuitamente, che consiste nella raccolta di sequenze di DNA in popolazioni umane antropologicamente definite. ALFRED non è un compendio di polimorfismi di DNA umano, ma piuttosto di frequenze dei polimorfismi selezionati con particolare attenzione a quelli studiati in popolazioni diverse. I dati contenuti in ALFRED sono considerati di pubblico dominio e sono disponibili all’uso nella ricerca e nell’insegnamento. ALFRED contiene dati su frequenze alleliche per oltre 663.400 siti polimorfici, 170 di questi hanno tabelle di frequenza per oltre 100 campioni di popolazioni differenti. I record hanno link attivi a fonti importanti (dbSNP, PharmGKB, OMIM, Ethnologue, ecc.). ALFRED presenta opzioni di ricerca flessibili, visualizzazione dei dati e capacità di download che permettono un accesso facile ai dati.
Per saperne di più su ALFRED.
Questi, insieme ad altri progetti già presentati come Gen2Phen (
maggiori informazioni), alimentano il numero sempre più crescente di fonti di informazione accessibili gratuitamente, migliorando la conoscenza delle malattie rare ed accelerano il passaggio dalla ricerca di base all’applicazione clinica.
